Die Hauptperson ist Smilla Jaspersen, die Tochter einer Inuit und eines dänischen Arztes. Die arbeitslose Wissenschaftlerin lebt in Kopenhagen, wo sie nur sehr schwer mit der europäischen Kultur zurechtkommt. Als ein Inuit-Junge in ihrem Wohnblock vom Dach stürzt und stirbt, erkennt sie aus den Spuren im Schnee als einzige Person, dass dieser Sturz kein Unglück, sondern ein Verbrechen war. Getrieben von ihrer Trauer begibt sie sich auf die Suche nach Beweismaterial und gerät dabei immer wieder in Gefahr. Der Roman ist in drei Teile: „Die Stadt“, „Das Meer“ und „Das Eis“ gegliedert und wird aus der Perspektive von Smilla Jaspersen erzählt. Smilla Jaspersen selbst interessiert sich vornehmlich für die Spuren im Schnee, eine Eigenschaft, der auch der Titel Rechnung trägt. Das Buch hat neben den privaten, kriminalistischen Ermittlungen Smillas eine weitere Ebene: In ihren Kindheitserinnerungen wird geschildert, wie das Volk der Inuit unter den Dänen als Kolonialmacht unterdrückt worden ist. Fräulein Smilla erzählt, wie tief sie in der Kultur der Inuit verwurzelt ist - und zugleich, wie sehr sie sich von ihr entfremdet hat.